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APIによる外部システムからのデータ利用

API（Application Programming Interface）とはIT用語で、ソフトウェアを開発する際に使用できる命令や関数、プログラム上の手続きのことです。MetabolonoteはいくつかのAPIを提供しており、これを外部プログラム（他のデータベースやアプリ）から利用することで、外部プログラムはMetabolonoteが管理しているメタデータをブラウザを介さずに直接利用できるようになります。

例えば、自分が開発しているデータベースから、メタデータIDを元に情報を取得し整形すれば、自分のデータベース上でMetabolonoteのメタデータの情報を表示することなども可能です。

APIは、Metabolonoteで最も重要な機能の一つです。様々な検索系も含め精力的に開発を進めてゆく予定です。

使い方

MetabolonoteのAPIは、URL式にパラメーターを記載するRESTfulな形式を採用しています。パラメーターに応じたURL式を作り、そこにHTTPアクセスすることで、結果がテキストとしてクライアントに返信されます。

書式

APIを提供するベースURLは以下です。

http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php

mnapi.phpに渡すパラメーターとして、アクション名、アクションに応じたパラメーターのキーと値を以下のように記載してください。

http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=アクション名&キー１=値１&キー２=値２

例） http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataId&id=SE1_S01_M01_D01&output=txt

戻り値

データはテキストで返されます。

メタデータの項目名の表記

返信されるテキストデータの中で、Metabolonoteのメタデータの階層（SE, S, M D等）や、記述内容の項目名（Title, Description等）は、以下のように小文字とアンダーバーで表記されます。

例）
SE -> sample_set
Instrument Type -> instrument_type

これは、私たちが定めた「統合メタボロームデータフォーマット」のXMLスキーマ定義の要素名や属性名に従った表記です。すべての対応関係については、こちらをご覧ください。

エラー

APIでエラーが発生した場合は、以下のように、返信されるテキストの一行目に「MN_ERROR」の文字列が出力されます。

例）以下はエラーが発生するURLです。
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataId&id=SA1

MN_ERROR
The specified page does not exist

データ取得系

getDataByMetadataId

パラメーター
アクション名	getDataByMetadataId
説明	メタデータIDを元に、メタデータを取得します。データの出力フォーマットを、タブ区切りのテキスト形式(txt)とXML形式（xml）から選択できます。データ出力範囲を、関連するすべてのデータ(all)と指定したデータのみ(single)と指定したデータに関連するデータのみ(related)から選択できます。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定	txtまたはxml	任意	txt
mode	出力する範囲を指定	allまたはsingleまたはrelated	任意	all
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataId&id=SE1_S01 http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataId&id=SE1_S01_M01_D01&output=txt http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataId&id=SE1_MS1&output=xml http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataId&id=SE1_S01_M01_D01&output=txt&mode=single http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataId&id=SE1_S01_M01&output=xml&mode=related

パラメーターについて

id

各階層のIDがアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。

id:       SE1_S01_M01_D01   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/S01/M01/D01

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

タブ区切りテキスト形式（txt）とXML形式（xml）を選択できます。

txt: タブ区切りテキスト形式

一行目

　# id kazusa:SE1_S01.info.txt

#[タブ]id[タブ][システム識別子]:[メタデータID].info.txt

[タブ]タブ制御文字 [システム識別子]複数のMetabolonoteが運用されるようになった場合、どのMetabolonote由来のデータかを判別するために、個々のMetabolonoteに付けられた文字列。

二行目以降、一列目にデータがある行

sample_set	id	SE1

[階層名][タブ]id[タブ][メタデータID]

二行目以降、一列目にデータがない行

	title	Arabidopsis thaliana metabolite analysis

[タブ][項目名][タブ][値]

[階層名]と[項目名]は、こちらの定義に基づきます。一列目にデータがない行の項目が属する階層名は、その行よりも上の行の階層名と同一になります。

xml形式

こちらのXMLスキーマに基づいたXMLとして出力されます。

mode

下記を選択できます。

関連するすべてのデータを出力（all）
指定したデータのみ出力（single）
指定したデータと関連するデータのみ出力（related）

all: 関連するすべてのデータを出力

idで指定したデータより上層のデータと参照されるデータを出力されます。

single: 指定したデータのみ出力

idで指定したデータのみを出力されます。指定したデータより参照されるデータは出力されません。

related: 指定したデータと関連するデータのみ出力

idで指定したデータと指定したデータより参照されるデータのみ出力されます。

getDataByMetadataIdWithAM

パラメーター
アクション名	getDataByMetadataIdWithAM
説明	メタデータIDを元に、メタデータを取得します。データの出力フォーマットを、タブ区切りのテキスト形式(txt)とXML形式（xml）から選択できます。メタデータのDに対しAMデータを付属し取得します。同一サンプルセットのすべてのAMデータ(all)と取得するAMデータ(AM*)から選択できます。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定	txtまたはxml	任意	txt
amid	取得するAMデータを指定	allまたは取得したいAMデータ名	任意
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataIdWithAM&id=SE1_S01_M01_D01&output=txt&amid=all http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataIdWithAM&id=SE1_S01_M01_D01&output=xml&amid=AM1 http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataIdWithAM&id=SE1_S01_M01_D01&output=txt

パラメーターについて

id

getDataByMetadataIdと同一です。

output

getDataByMetadataIdと同一です。

amid

このパラメーターはidパラメータでデータ解析ID（D）が指定された場合にのみ有効です。それ以外のIDを指定した場合は、AMデータも出力されませんのでご注意ください。

all（デフォルト）

サンプルセットに登録した全てのAMデータを出力します。

AM*

出力するAMデータをIDで指定します。IDをカンマ区切りで複数指定すれば、サンプルセットに登録した複数のAMを同時に出力することができます。

（例）
&amid=AM1
&amid=AM1,AM2

getPropertiesByMetadataId

パラメーター
アクション名	getPropertiesByMetadataId
説明	メタデータIDを元に、メタデータを取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getPropertiesByMetadataId&id=SE1_S01_M01

パラメーターについて

id

各階層のIDがアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。

id:       SE1_S01_M01   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/S01/M01

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getLastUpdateOfMetadata

パラメーター
アクション名	getLastUpdateOfMetadata
説明	メタデータIDを元に、メタデータの最終更新日を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getLastUpdateOfMetadata&id=SE1_S01_M01_D01

パラメーターについて

id

各階層のIDがアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。

id:       SE1_S01_M01_D01   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/S01/M01/D01

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getLastUpdateInMetadataSet

パラメーター
アクション名	getLastUpdateInMetadataSet
説明	メタデータセットIDを元に、メタデータセットの最終更新日を取得します。データの比較範囲を、指定したデータのみ（single）とメタデータセットのすべてのデータ（all）から選択できます。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	取得したいメタデータセットのID	メタデータセットID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
mode	比較する範囲を指定	singleまたはall	任意	single
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getLastUpdateInMetadataSet&id=SE1&mode=single http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getLastUpdateInMetadataSet&id=SE1&mode=all

パラメーターについて

id

メタデータセットIDを指定します。
メタデータセットIDは、メタデータの最上位階層を指します。
最上位階層以外のメタデータIDを指定した場合はエラーとなりますのでご注意ください。

id:       SE1

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

mode

下記を選択できます。

指定したメタデータIDの最終更新日のみ取得する（single）
メタデータセット内で最新の最終更新日時を取得する（all）

single: 指定したメタデータIDの最終更新日を出力

idで指定したデータの最終更新日を出力します。

all: メタデータセット内で最新の最終更新日時を出力

idで指定した同一メタデータセットのすべてのデータから、最新の最終更新日を出力します。

getFixedDataByPropertyName

パラメーター
アクション名	getFixedDataByPropertyName
説明	プロパティ名を元に、プロパティに設定されている固定値の一覧を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
pname	取得したいプロパティ名	プロパティ名	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getFixedDataByPropertyName&pname=MS_Instrument_Type

パラメーターについて

pname

固定値を取得するプロパティを指定します。

プロパティ名は、こちらのMetabolonoteのプロパティ名に記載されています。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getAllPageIds

パラメーター
アクション名	getAllPageIds
説明	Metabolonoteに登録されているすべてのメタデータIDの一覧を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getAllPageIds

パラメーターについて

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getTopPageIds

パラメーター
アクション名	getTopPageIds
説明	Metabolonoteに登録されている最上位階層のメタデータIDの一覧を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getTopPageIds

パラメーターについて

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getSubPageIdsByMetadataId

パラメーター
アクション名	getSubPageIdsByMetadataId
説明	メタデータIDを元に、1階層下のメタデータIDの一覧を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	1階層下のメタデータIDを取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getSubPageIdsByMetadataId&id=SE1_S01

パラメーターについて

id

各階層のIDがアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。

id:       SE1_S01   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/S01

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getLowerPageIdsByMetadataId

パラメーター
アクション名	getLowerPageIdsByMetadataId
説明	メタデータIDを元に、すべての下位階層のメタデータIDの一覧を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	下位階層のメタデータIDを取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getLowerPageIdsByMetadataId&id=SE1_S01

パラメーターについて

id

各階層のIDがアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。

id:       SE1_S01   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/S01

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getSourcePageIdsByReferentPageId

パラメーター
アクション名	getSourcePageIdsByReferentPageId
説明	メタデータIDを元に、参照元となるメタデータIDを取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
id	参照元を取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getSourcePageIdsByReferentPageId&id=SE1_MS1

パラメーターについて

id

各階層のIDがアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。

id:       SE1_MS1   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/MS1

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getOfficialNames

パラメーター
アクション名	getOfficialNames
説明	Metabolonote内で設定されている項目名の一覧を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getOfficialNames

パラメーターについて

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

検索系

searchPageIdsByProperty

パラメーター
アクション名	searchPageIdsByProperty
説明	プロパティ名とキーワードを元に、検索を行う。検索結果としてメタデータIDのリストを出力します。キーワードの大文字と小文字の区別を、区別する（yes）と区別しない（no）から選択できます。キーワードの一致条件を、完全一致（yes）と部分一致（no）から選択できます。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
pname	検索対象となるプロパティ	プロパティ名	必須
keyword	検索文字列	キーワード	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
case	キーワードの大文字小文字の区別	yesまたはno	任意	no
exact	キーワードの一致条件	yesまたはno	任意	no
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=searchPageIdsByProperty&pname=SE_Title&keyword=arabidopsis 他のサンプルURLは考え中

パラメーターについて

pname

検索を行うプロパティを指定します。

プロパティ名は、こちらのMetabolonoteのプロパティ名に記載されています。

keyword

検索文字列となるキーワードを指定します。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

case

下記を選択できます。

大文字と小文字の区別を行う（yes）
大文字と小文字の区別を行わない（no）

yes: 大文字と小文字の区別を行う

keywordパラメータで指定した文字列の大文字と小文字の区別を行い検索した検索結果を出力します。

no: 大文字と小文字の区別を行わない

keywordパラメータで指定した文字列の大文字と小文字の区別を行わずに検索した検索結果を出力します。

exact

下記を選択できます。

完全一致検索（yes）
部分一致検索（no）

yes: 完全一致検索

keywordパラメータで指定した文字列と完全一致する検索結果を出力します。

no: 部分一致検索

keywordパラメータで指定した文字列が含まれている検索結果を出力します。

searchPageIdsByProperties

パラメーター
アクション名	searchPageIdsByProperties
説明	複数のプロパティ名とキーワードを元に、検索を行う。検索結果としてメタデータIDのリストを出力します。キーワードの大文字と小文字の区別を、区別する（yes）と区別しない（no）から選択できます。キーワードの一致条件を、完全一致（yes）と部分一致（no）から選択できます。取得するメタデータIDの絞り込みを、AND検索（and）とOR検索（or）から選択できます。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
プロパティ名	検索対象となるプロパティとキーワード	キーワード	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
case	キーワードの大文字小文字の区別	yesまたはno	任意	no
exact	キーワードの一致条件	yesまたはno	任意	no
mode	検索タイプ	andまたはor	任意	and
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=searchPageIdsByProperties&SE_Title=arabidopsis&MS_Ion_Mode=positive http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=searchPageIdsByProperties&SE_Title=arabidopsis&MS_Ion_Mode=positive&mode=or 他のサンプルURLは考え中

パラメーターについて

プロパティ名

検索を行うプロパティとキーワードを指定します。
複数のプロパティに対して検索を実行することができます。

プロパティ名は、こちらのMetabolonoteのプロパティ名に記載されています。

（例）
&SE_Title=Arabidopsis&MS_Ion_Mode=Positive
&[プロパティ名]=[キーワード]&[プロパティ名]=[キーワード]

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

case

searchPageIdsByPropertyと同一です。

exact

searchPageIdsByPropertyと同一です。

mode

下記を選択できます。

AND検索（and）
OR検索（or）

and: AND検索

プロパティ名パラメータで指定した複数の検索条件すべてに該当する検索結果を出力します。

or: OR検索

プロパティ名パラメータで指定した複数の検索条件それぞれに該当する検索結果を出力します。

未使用（非推奨）

getMsInstrumentTypes

パラメーター
アクション名	getMsInstrumentTypes
説明	Metabolonoteに登録されているプロパティ「MS_Instrument_Type」に設定されている値を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getMsInstrumentTypes

パラメーターについて

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getSampleIdsUsingSsId

パラメーター
アクション名	getSampleIdsUsingSsId
説明	メタデータIDを元に、参照元となるメタデータIDを取得します。分析手法の詳細情報ID（MS）を参照している同一のサンプルセットの分析情報ID（M）を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
ssid	参照元を取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getSampleIdsUsingSsId&msid=SE1_SS1 ※現在、SSフォームが作成されていないので上記リンクはエラーになります。

パラメーターについて

ssid

サンプルの詳細情報ID（SS）がアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。
また、サンプルの詳細情報ID（SS）以外のIDを指定した場合はエラーとなりますのでご注意ください。

id:       SE1_SS1   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/SS1

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getMethodIdsUsingMsId

パラメーター
アクション名	getMethodIdsUsingMsId
説明	メタデータIDを元に、参照元となるメタデータIDを取得します。分析手法の詳細情報ID（MS）を参照している同一のサンプルセットの分析情報ID（M）を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
msid	参照元を取得したいメタデータのID	メタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getMethodIdsUsingMsId&msid=SE1_MS1

パラメーターについて

msid

分析手法の詳細情報ID（MS）がアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。
また、分析手法の詳細情報ID（MS）以外のIDを指定した場合はエラーとなりますのでご注意ください。

id:       SE1_MS1   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/MS1

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

getDataAnalysisIdsUsingDsId

パラメーター
アクション名	getDataAnalysisIdsUsingDsId
説明	メタデータIDを元に、参照元となるメタデータIDを取得します。データ解析手法の詳細情報ID（DS）を参照している同一のサンプルセットのデータ解析情報ID（D）を取得します。
キー	説明	値	必須/任意	デフォルト値
dsid	参照元を取得したいメタデータのID	DSメタデータID	必須
output	出力する形式を指定現在、json形式のみ対応しています。	json	任意	json
サンプル
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataAnalysisIdsUsingDsId&dsid=SE1_DS1

パラメーターについて

dsid

データ解析手法の詳細情報ID（DS）がアンダーバーで接続されたものを指定します。Metabolonoteのページ名とは書式が異なりますのでご注意ください。
また、データ解析手法の詳細情報ID（DS）以外のIDを指定した場合はエラーとなりますのでご注意ください。

id:       SE1_DS1   <- こちらを用いる
ページ名: SE1:/DS1

MetabolonoteにおけるIDの扱われ方の詳細は、こちらをご覧ください。

output

JSON形式（json）のみ選択できます。

json: JSON形式

</div>

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Contents

使い方

書式

戻り値

メタデータの項目名の表記

エラー

データ取得系

getDataByMetadataId

getDataByMetadataIdWithAM

getPropertiesByMetadataId

getLastUpdateOfMetadata

getLastUpdateInMetadataSet

getFixedDataByPropertyName

getAllPageIds

getTopPageIds

getSubPageIdsByMetadataId

getLowerPageIdsByMetadataId

getSourcePageIdsByReferentPageId

getOfficialNames

検索系

searchPageIdsByProperty

searchPageIdsByProperties

未使用（非推奨）

getMsInstrumentTypes

getSampleIdsUsingSsId

getMethodIdsUsingMsId

getDataAnalysisIdsUsingDsId

Personal tools

View and Edit Metadata

Variants

Views

Actions

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