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ようこそMetabolonoteへ


Metabolonoteはメタボロミクス実験の「メタデータ」を専門に管理するデータベースです。

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メタデータを閲覧する

サンプルセットの一覧からデータを選んでメタデータを閲覧できます。

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API

Metabolonoteのデータを外部プログラムから取得することができます。

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データの登録と編集

ユーザー登録(無料)をすることで、ご自分のメタデータを登録できるようになります。

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システム管理者向け

ソースコードをダウンロードすれば、ローカルのMetabolonoteを構築して利用できます。

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ヘルプ

詳しい使い方はこちら。

最新情報/お知らせ

2013年4月24日  マイナーなバージョンアップ。Metabolonoteシステムが1.2.2になりました。これまで使用を制限していたSemanticMediaWikiの機能のひとつ「ウィキを閲覧」機能が使えるようになりました。

どんなシステム? コンセプトと特徴

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メタデータとは、実験データにひもづいている実験手法や解析条件などの詳細情報のこと。論文で言えば「Materials and Methods(マテメソ)」に相当する情報です。メタボロミクスは代謝化合物を網羅的に調べる研究分野ですが、サンプル調製、機器分析、データ解析の各段階がそれぞれ非常に複雑なため、メタボロミクスの実験データには膨大なメタデータが付随してきます。

Metabolonoteはメタデータを専門で管理するデータベースシステムです。メタデータの記録を極力簡単にし、メタボロミクスデータの公開と利用を促進させることを目的としています。メタデータを実験データから切り離すことで、1)同じメタデータを複数のデータベースから利用でき、2)データを公開しやすいという利点があります。詳しく読む...

データ構造とID表記

Structure and id.png

Metabolonoteでは、メタデータを主に4つの階層構造に分けて管理しており、その階層構造に従ってメタデータのID付けをしています。

例) IDが「SE1_S01_M01_D01」 のメタデータは、「SE1:/S01/M01/D01」という名前のWikiページに記載されており、下記のURLでアクセスできます。http://webs2.kazusa.or.jp/metabolonote/index.php/SE1:/S01/M01/D01

Metabolonoteを閲覧する際の予備知識として、ID付けのルールとWikiページ名の付け方をご確認ください。 詳しく読む...

関連サイト

Komics logo.png KOMICS: かずさDNA研究所のメタボロミクスのポータルサイト

Massbase logo2.png MassBase: メタボロミクス生データを公開している世界最大のリポジトリ

Komicmarket logo.png KomicMarket: サンプルから得られたメタボローム(ピークの定量値とアノテーション)のデータベース

NewKomicMarketTmp.png KomicMarket2一時サイト: メタボロームデータをTogoMDフォーマットで配布しているサイト

Biomassbank logo.png Bio-MassBank: 生体由来のMSスペクトルのリファレンスライブラリー

Massbank-logo row.gif MassBank: 標品化合物のMSスペクトルのリファレンスライブラリー

Knapsack logo2.png KNApSAcKファミリー: 天然化合物と食や健康を結んだ知識情報の一大データベース

お問い合わせ

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Metabolonoteは、バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)ライフサイエンスデータベース統合推進事業の「統合化推進プログラム」、課題名「メタボローム・データベースの開発(代表:金谷重彦 奈良先端大教授)」において、かずさDNA研究所の研究チームにより開発されました。もっと見る...


ご質問・ご意見等は、下記までメールでお寄せください。

E-mail: metabolonote AT kazusa.or.jp  (※@を半角に変更してください)

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