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Metabolonoteはメタボロミクス実験の「メタデータ」を専門に管理するデータベースです。
MetabolonoteサービスのURLのホスト名「metabolonote.kazusa.or.jp」は、「metabolonote.jp」に変更されます。リンクやブックマークを作成されている場合や、APIによるアクセスをしている場合には、新しいホスト名への変更をお願いいたします。 従来のURLは、一定期間後にアクセスできなくなります。くわしくはこちらをご覧ください。
最新情報／お知らせ
- 2024年7月13日
- URL変更のお知らせとお願い
MetabolonoteサービスのURLのホスト名「metabolonote.kazusa.or.jp」は、「metabolonote.jp」に変更されます。リンクやブックマークを作成されている場合や、APIによるアクセスをしている場合には、新しいホスト名への変更をお願いいたします。 従来のURLは、一定期間後にアクセスできなくなります。くわしくはこちらをご覧ください。
- 2013年4月24日
- マイナーなバージョンアップ。Metabolonoteシステムが1.2.2になりました。これまで使用を制限していたSemanticMediaWikiの機能のひとつ「ウィキを閲覧」機能が使えるようになりました。
どんなシステム？ コンセプトと特徴
メタデータとは、実験データにひもづいている実験手法や解析条件などの詳細情報のこと。論文で言えば「Materials and Methods（マテメソ）」に相当する情報です。メタボロミクスは代謝化合物を網羅的に調べる研究分野ですが、サンプル調製、機器分析、データ解析の各段階がそれぞれ非常に複雑なため、メタボロミクスの実験データには膨大なメタデータが付随してきます。
Metabolonoteはメタデータを専門で管理するデータベースシステムです。メタデータの記録を極力簡単にし、メタボロミクスデータの公開と利用を促進させることを目的としています。メタデータを実験データから切り離すことで、１）同じメタデータを複数のデータベースから利用でき、２）データを公開しやすいという利点があります。
データ構造とID表記
Metabolonoteでは、メタデータを主に4つの階層構造に分けて管理しており、その階層構造に従ってメタデータのID付けをしています。
Metabolonoteを閲覧する際の予備知識として、ID付けのルールとWikiページ名の付け方をご確認ください。
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公開論文
Ara T et al (2015) Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses. Front Bioeng Biotechnol 3: 38
関連サイト
お問い合わせ
Metabolonoteは、バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）ライフサイエンスデータベース統合推進事業の「統合化推進プログラム」、課題名「メタボローム・データベースの開発（代表：金谷重彦 奈良先端大教授）」において、かずさDNA研究所の研究チームにより開発されました。
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