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Database Searching
Compound database sear … Database Searching
Compound database searching was performed using the accurate mass value and the estimated adduct ion for the peaks detected in the Method 1. Following databases are used: KEGG COMPOUND (Kanehisa et al., Nucleic Acids Res 44: D457-D462, 2016), KNApSAcK (Afendi et al., Plant Cell Physiol 53: e1, 2012), Human Metabolome Database (HMDB, Wishart et al., Nucleic Acids Res 41: D801-807, 2013), LIPID MAPS (Fahy et al., J Lipid Res 50: S9-14, 2009), and the flavonoid database in the web site http://metabolomics.jp/wiki/Category:FL. The UC2 database in the MFSearcher web service (Sakurai et al., Bioinformatics 34: 698-700, 2018) was used for a rapid cross-database searching and compiling the constitutional isomers in one record.
Prediction of flavonoid aglycones
For the peaks with MSn spectra detected in the positive mode, possibility of flavonoid aglycones was estimated using FlavonoidSearch system (Akimoto et al., Scientific Reports 7: 1243, 2017).
[Japanese]
化合物データベース検索
Method 1で得られた精密質量と、判定されたアダクト情報を用いて、化合物データベースへの検索を行った。データベースとしては、KEGG COMPOUND (Kanehisa et al., Nucleic Acids Res 44: D457-D462, 2016), KNApSAcK (Afendi et al., Plant Cell Physiol 53: e1, 2012), Human Metabolome Database (HMDB, Wishart et al., Nucleic Acids Res 41: D801-807, 2013), LIPID MAPS (Fahy et al., J Lipid Res 50: S9-14, 2009), http://metabolomics.jp/wiki/Category:FL に掲載されたフラボノイドデータを用いた。検索には、データベース間で重複する化合物をひとまとめにし、高速な横断検索が可能な、MFSearcherウェブサービスのUC2検索(Sakurai et al., Bioinformatics 34: 698-700, 2018)を用いた。
フラボノイドアグリコンの推定
ポジティブ分析で検出された、MS2やMS3スペクトルが計測されたピークについては、FlavonoidSearchシステム（Akimoto et al., Scientific Reports 7: 1243, 2017）を用いて、フラボノイドアグリコンの推定を実施した。 ts 7: 1243, 2017）を用いて、フラボノイドアグリコンの推定を実施した。
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