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メタデータの登録と編集
作成したユーザーアカウントでログインすると、ユーザーご自身のメタデータを登録したり編集したりできます。登録・編集した内容は、ログインしたユーザーにしか表示されません。編集したメタデータを公開したい場合は、Metabolonote管理者へお問い合わせください。
Contents |
メタデータの登録
はじめに
Metabolonoteでは、メタデータを階層構造で管理しており、その階層構造に従って、メタデータのIDを付与しています（詳しくはこちら）。この中で、最上位階層に当たるサンプルセットID（SE**）については、Metabolonote管理者がシステム内で一意になるように管理し、発行しています。それ以外の階層のデータは、「IDラベル+数字」という規則で、ユーザー自身が任意につけることができます。
ご自身のデータを登録する際は、新規作成するサンプルセットに対して、まず仮のサンプルセットIDを作成し、これをもとにより下層のデータを作成してゆくことになります。データの公開と同時にMetabolonote管理者から正式なサンプルセットIDが発行され、仮のIDが正式なIDに置き換えられます。
データ公開後は、データを作成したユーザーのみが、正式なサンプルセットIDでそのデータの編集を行うことが可能となります。
サンプルセットの新規作成
メタデータの登録をする最初のステップとして、サンプルセットを新規作成します。
以下の操作手順では、仮のサンプルセットIDとして「TSE1」を設定することを例に解説します。
作成したユーザーアカウントでログイン後、画面左のサイドメニューから「サンプルセットの作成」をクリックします。右図のような画面が表示されます。
※アカウントを取得していない場合は、このメニューは表示されません。
Tips
以下の方法でも、この画面を表示することができます。
- 画面上部から「サンプルセットの作成」を選択します。
- 画面左のツールボックスから「特別ページ」リンクを選択します。
画面最下部「その他の特別ページ」の項目の中の「Sample Set IDの閲覧と編集」をクリックします。
続いて「Sample Set IDを追加する」をクリックします。
「ID：」の欄にサンプルセットIDを任意に入力します。
この例では、「TSE1」を入力しています。
IDとして使える文字列
仮のサンプルセットIDとして設定できる文字列には、英字と数字が使用できますが、最後は必ず数字で終わるようにしてください。
上記入力後、「追加」ボタンを押下します。
すると右図のように、作成したTSE1のトップページが表示されます。
作成したサンプルセットは、画面左のサイドメニューから「My Pages」をクリックすることで、Public Pagesと同様に一覧として表示されます。
一覧表の「Unpublished pages」の中から、作成したTSE1をクリックすることで、TSE1のトップページを表示することができます。
MyPagesの詳細は下記をご覧ください。
メタデータの編集
作成したアカウントでログイン後、画面左のサイドメニューにある「My Pages」をクリックし、続いてサンプルセットを選択して、編集したいメタデータの画面をブラウザ上に表示させます。
この状態で、ページ上部に表示されている「編集（フォーム使用）」と書かれたタブをクリックすると、フォームによるデータ編集画面に移ります。
※データを編集できるのは、ユーザー自身が作成したデータに限られます
メタデータを編集します。
「ページを保存」ボタンを押下すると、編集内容が確定され、登録されたデータが表示されます。
※データ編集画面にある「プレビューを表示」ボタンを押下すと、入力したデータのプレビュー画面が表示されます。しかしこの時、まだページの内容は保存されていませんのでご注意ください。
サンプルセットより下層のメタデータの追加
サンプルセットにサンプルを追加したり、既存のサンプルに分析情報を追加したりなど、新たなメタデータの追加方法を解説します。ここでは例として、サンプルセット「TSE1」に新たなサンプル情報「S01」を追加します。
画面左のサイドメニューにある「My Pages」からサンプルセットを選択し、下位のメタデータを作成したいページを表示します。
画面の下部に、TSE1に追加することのできる下位ページのIDラベルが表示されています。この中から、「New S」ボタンをクリックします。
フォームによるページの追加という画面が表示されます。
これから作るページの前半部分「TSE1:/S」までが決定しているので、テキストボックスに、サンプルIDの数字部分だけを入力してください。
ここでは例として「01」を入力します。
※数字の付け方のルールについてはデータ構造とID表記についてをご覧ください。
上記入力後、「作成、または編集」ボタンを押下します。
フォーム編集画面「Sを作成：TSE1:/S01」が表示されます。
メタデータを適宜編集してください。
上記入力後、「ページを保存」ボタンを押下します。
入力したページが表示されます。
Tips
ページの下部には、分析情報のメタデータを追加するための「New M」ボタンが表示されています。同じような要領で、他のページも必要に応じて追加・編集してください。
リンクテンプレートの使い方
メタデータ編集画面のFree text欄には、HTML書式、あるいはMediaWikiの書式を使って、自由な付加情報を書き込むことができます。たとえば、関連するデータが登録されているデータベースへのリンクや、論文サイトへのリンク、そのデータと比較しうる他のデータの所在などを書き込むことで、閲覧ユーザーがよりデータを理解しやすく、また利用しやすくなります。
Metabolonoteでは、MediaWikiの「テンプレート」という機能を使って、簡単に外部リソースへのリンクを作成できます。以下の様なテンプレートが準備されています。設置の仕方の詳細を見るには、「使い方」のリンクをクリックしてください。
| リンク先 | 作られるリンクの例 | |
|---|---|---|
| 論文サイト |
|
使い方 |
| 比較しうるデータ解析手法 |  The data can be compared with the data SE1_MS1 |
使い方 |
| データベース一般 |
|
使い方 |
| BioMassBank |
|
使い方 |
| KomicMarket |
|
使い方 |
| KomicMarket2 temporary website |
The peak data files written in TogoMD format are downloadable at the KomicMarket2 temporary web site. |
使い方 |
| MassBase |
The raw (binary) and near-raw (text) files of this analysis are available at MassBase. |
使い方 |
| MetaboLights |
|
使い方 |
| MetabolomeExpress |
|
使い方 |
| PGDBj |
|
使い方 |
| RIKEN MS2T |
|
使い方 |
| RIKEN DROP Met |
The raw data files are available at DROP Met web site in PRIMe database of RIKEN. |
使い方 |
所有データの一覧（My Pages）
アカウントを取得したユーザーが作成したメタデータを一覧できます。ログインした状態で、画面左のサイドメニューの中から「My Pages」を選択します。
Public Pagesとは異なり、My Pagesは「The pages published by yourself」と、「Unpublished pages」の2段に分かれています。
上段は、すでに管理者によって一般公開をしたもので、正式なSE番号が振られたものです。
下段は、まだ一般公開をしていないデータです。
両者とも、ログインしたユーザーによって作成されたものが表示されています。
右図の例では、SE1、SE2が公開されたデータ、TSE3が非公開のデータです。
データの公開・非公開に関わらず、サンプルセットIDをクリックすることにより、メタデータの内容をいつでも編集することができます。
Tips
以下の方法でもMy Pagesを表示することができます。
- 画面左のツールボックスから「特別ページ」リンクを選択し、画面最下部「その他の特別ページ」の項目から「Personal Pages」をクリックします。
メタデータの削除
Metabolonoteでは、ユーザーが作成したサンプルセットを、ユーザー自身で削除することができません。
データの削除はシステム管理者だけが可能です。
不要になったページの削除は、下記のMetabolonote管理者までメールでご依頼ください。
E-mail:
metabolonote 
kazusa.or.jp
高度な機能
データのエクスポートとインポート
ユーザーが所有しているデータは、サンプルセット単位でエクスポートし、ファイルとして保存することができます（公開データもエクスポート可能です）。反対に、エクスポートされたデータファイルを使って、Metabolonoteにデータをインポートすることが可能です。
エクスポート・インポートの機能は、以下のような場面でご活用いただけます。
編集したメタデータのバックアップ
Metabolonoteのデータ保守には可能な限りの対策をしていますが、万が一サーバークラッシュ等が発生しても、バックアップデータがあれば復旧することができます。念のために、定期的なエクスポートによるバックアップをおすすめいたします。
別のMetabolonoteシステムにデータを移行
Metabolonoteのコアプログラムは無償で配布されていますので、ご自身のサーバー環境にMetabolonoteシステムを構築し、ご利用いただくことができます。このような、「別の」Metabolonoteシステムにデータを移行する際に、エクスポートとインポートが有効です。
※Metabolonoteのコアプログラムは、SE, S, M, D等のフォーマット以外にも、任意のデータ階層や任意の入力フォーム、任意のIDラベルを設定することで、全く別のメタデータを管理することが可能です。エクスポートしたデータが正しくインポートされるためには、エクスポートするシステムとインポートするシステムが、全く同一のフォーマットに設定されていることが前提となります。
大量のデータを一括して登録
エクスポートされるファイルは、XML形式のテキストファイルです。XMLの構造やページのIDに注意しながら、ユーザーご自身で直接XMLファイルを編集・作成することで、例えば大量のメタデータを一括して登録することなどが可能です。
エクスポート（バックアップ）
画面左のツールボックスから「特別ページ（Special Pages）」をクリックします。続いて、特別ページ最下部の「その他の特別ページ」の欄から、「Export XML」を選択します。
右図のような画面が表示されます。
エクスポートしたいサンプルセットにチェックを入れます（複数選択可）。この例では公開ページのSE1を選択しています。
最後に「Export XML」ボタンを押下します。
選択したデータが、以下のようなファイル名でエクスポートされます。
Metabolonote-xxxxxxxxxxxxxx.xml ※「x」はエクスポートされた時刻を表す数値
複数のサンプルセットを選択していた場合でも、エクスポートされて出来上がるファイルは一つです。
インポート （復元・移行）
エクスポートしたXMLファイルを使い、ユーザーご自身が作成したサンプルセットIDに対して、Metabolonote内にメタデータをインポートすることができます。
準備
インポート先のMetabolonoteシステムには、あらかじめ、インポートされるデータのサンプルセットIDを、ユーザー自身が作成しておく必要があります。複数のMetabolonoteシステム間でデータを移行する場合などで、移行先（インポート先）にサンプルセットIDが存在していない場合は、サンプルセットの新規作成を参考に作成してください。
画面左のツールボックスから「特別ページ（Special page）」のリンクをクリックし、特別ページ最下部の「その他の特別ページ」の項目から「Import XML」を選択します。
表示された「Import XML」画面で、以下の設定をします。
インポートするXMLファイルを選択
Please select the XML file to import:の項の「ファイルを選択」ボタンを押し、インポートするXMLファイルを選択します。
既存ページの処理方法を選択
For pages that already exist:の項で、「Overwrite existing content」を選択すると、既存データが上書きされます。「Skip」を選択すると、上書きされず既存データが残ります。
インポートのコメント（任意入力）
Summary of import:の欄にインポート時のメモを残すことができます。
以上が入力できたら、「取り込み」ボタンを押下します。
各ページに適用されるメタデータフォーマット（S, M, D等の区分）の確認画面が表示されます。
※先のステップで「Overwrite existing content」を選択していた場合は、既存のページがある場合に上書きされてしまいますので、ご注意ください。
上記確認後、「submit」ボタンを押下します。
もしMetabolonoteと違うメタデータフォーマットを定義していた場合、どのフォーマットを使用すべきかシステムが判定できないケースが生じる可能性があります。このような場合は、使用するフォーマットを選択するためのラジオボタンが表示されるので、選択後、submitボタンを押してください。
図のように「＊＊ pages will be created from the XML file.」と表示されたらインポート完了です。
※上記の「＊＊」はインポートされたページ数を表しています。
（補足）異なるサンプルセットIDでインポートする
インポート先のMetabolonoteシステムで、既に他のユーザーによってサンプルセットIDが作成されているために、エクスポートした時と同じサンプルセットIDをユーザー自身が作れないケースが考えられます。このような場合、エクスポートしたXMLファイルを編集し、サンプルセットIDを変更することで、異なるサンプルセットIDとしてインポートすることが可能です。
以下の解説では、TSE1としてエクスポートしたデータを、TSE001としてインポートし直す場合を例に説明します。
エクスポートしたXMLファイルをテキストエディタ等で開き、下記のように書かれた箇所を探します。
<Namespace Name="TSE1">
※TSE1はエクスポートしたときのサンプルセットIDの例
この記述は、複数のサンプルセットIDを選択してエクスポートしていた場合は、ファイル中にその数だけ存在します。
TSE1の部分を、新しいサンプルセットIDに書き換えてください。
例）
<Namespace Name="TSE001">
※設定するサンプルセットID「TSE001」は、インポート先のMetabolonoteにユーザー自身で作成しておく必要があります。
XMLファイルを保存します。
このファイルを使ってインポートを行ってください。
（補足）完全にインポートされたことを確認する
通常インポートの処理は30秒以内で終了し、インポート終了のメッセージ画面が表示されます。しかし数千件オーダーの大量のデータをインポートしようとした場合など、環境によっては、右図の画面が表示されるまでに長い時間がかかったり、画面が表示されてもデータのインポートが途中で失敗していたりする場合があります。データが完全にインポートされたかどうかを確認するには、以下の方法があります。ご不安に思われた方はご確認ください。
インポートするXMLファイルをテキストエディタ等で開き、下記のように書かれた箇所を探します。サンプルセットが複数ある場合は、このような記述箇所が複数存在します。
<Namespace Name="TSE1">
※TSE1はサンプルセットIDの例
XMLファイルの中で、一番最後に現れるサンプルセットIDを確認します。
Metabolonote上で、このサンプルセットIDのデータが正しくインポートされているかをご確認ください。
インポートの処理は、XMLファイルを上から順に処理してゆきますので、最後のデータが取り込まれていれば、インポートは成功しています。もしインポートされていないようでしたら、XMLファイルをいくつかのサンプルセットに分割して、数回に分けてインポートしてください。もとのXMLファイルのコピーを作り、<Namespace>～</Namespace>タグで囲まれた部分を丸ごと削除すれば、その部分に対応するサンプルセットのデータがコピーしたファイルから削除されます。このようなファイルを用いてインポートを行ってください。
サンプルセットIDの変更
ユーザーが所有している非公開データに付けた仮のサンプルセットIDを変更することができます。
※公開されて正式なSE IDが振られたサンプルセットは、ユーザーが任意にIDを変更することはできません。
画面左のツールボックスから「特別ページ」をクリックし、ページ最下部「その他の特別ページ」の項目にある「Sample Set IDの閲覧と編集」をクリックします。
すると、右図のような「Sample Set IDの閲覧と編集」というページが表示されます。
ここでは例として、既存の「TSE3」を、新しいID「SAMPLESET300」に変更することを例に解説します。
変更を行いたいサンプルセットID（TSE3）について、「編集」のリンクをクリックしてください。
右図のような編集画面が表示されます。
「名称変更」の欄にあるテキストボックスに、新しいサンプルセットIDとなる英数字を入力します（ここでは例としてSAMPLESET300）。
IDとして使える文字列
仮のサンプルセットIDとして設定できる文字列には、英字と数字が使用できますが、最後は必ず数字で終わるようにしてください。
新しいIDを入力後、「新IDを保存」ボタンを押下します。
新しいサンプルセットIDが適用されました。
サンプルセットの所有者変更
ユーザーが所有しているサンプルセットについて、所有権を別のユーザーに変更することができます。
※この機能で所有者を変更すると、変更前のユーザーはそのサンプルセットのデータを編集できなくなり、変更後のユーザーのみが編集を行えるようになります。ご注意ください。
間違えて変更してしまった場合は、下記のMetabolonote管理者までメールでご連絡ください。
E-mail:
metabolonote kazusa.or.jp
想定される用途
この機能が必要になるケースは稀です。例えば、研究室で主にMetabolonoteに記入していた研究員が別の研究機関に移り、それ以降のデータの管理を別の人に引き継いだ場合などを想定しています。
以下の解説では、「USER_NAME」という名のユーザーが、自身が所有しているサンプルセット「SE1」の所有権を、新しいユーザー「USER2_NAME」に変更することを例にとり、解説します。
ログインします（この例では、アカウントはUSER_NAME）。
画面左のツールボックスから「特別ページ」をクリックし、ページ最下部「その他の特別ページ」の項目にある「Sample Set IDの閲覧と編集」をクリックします。
すると、右図のような「Sample Set IDの閲覧と編集」というページが表示されます。
変更を行いたいサンプルセットID（ここではSE1）の欄にある「編集」のリンクをクリックします。
右図のような編集画面が表示されます。
「所有者変更」の欄にあるプルダウンメニューで、所有権を変更する先のユーザー名（ここではUSER2_NAME）を選択します。
選択後「所有者を保存」ボタンを押下します。
右図の画面が表示され、設定が反映されました。
その他一般的な設定
表示言語の変更
メニューなどの表示言語を、ユーザー独自のものに変更できます。この設定は他のユーザーに影響を与えません。
以下、英語設定から日本語設定に変更すること例に解説します。
ブラウザ画面最上部のから「My preferences」のリンクを選択します。
Tips
以下の方法でも遷移することができます。
画面左のツールボックスから「Special pages」をクリックし、「Users and rights」の項目の「Preferences」を選択します。
User profileタブ、Internationalisationの項目の、Language:の欄で、変更したい言語（この例では「ja - 日本語」）を選択します。
「Save」ボタンを押下して設定を確定します。
パスワード変更
ログインしているユーザーのパスワードを変更できます。安全のため、定期的にパスワードを変更することをおすすめします。
ブラウザ画面の最上部から「個人設定」を選択し、「利用者情報」タブ、「基本情報」欄、「パスワード： パスワードの変更」のリンクをクリックします。
右図のようなパスワード変更画面が表示されます。
Tips
以下の方法でも、パスワード変更画面を表示することができます。
画面左のツールボックスから「特別ページ」をクリックします。「利用者と権限」の欄の「パスワードの変更」のリンクを選択します。
古いパスワードと、新しく設定するパスワード（２カ所）を入力し、「パスワードを変更」ボタンを押下します。
パスワードの再設定
ログインに必要なパスワードを忘れてしまった場合、パスワードの再設定ができます。
ここでは、下表の設定を例に取り解説します。
| ユーザー名（ログインアカウント） | USER_NAME |
|---|---|
| 仮パスワード | TEMPORARY_PASSWORD |
| 新しく設定し直すパスワード | USER_PASSWORD |
画面左のツールボックスから「特別ページ（Special pages）」のリンクをクリックします。特別ページの「利用者と権限（Users and rights）」の欄の「パスワードの再設定（Reset Password）」を選択します。
右図のような画面が表示されます。
「利用者名：」の欄に、ご自身ユーザー名を入力してください。
例）
Username: USER_NAME
「新しいパスワードを電子メールで送る（E-mail new password）」ボタンを押下します。
メール内容の確認
ユーザーのメールアドレスに、下記のような内容のメールが送信されます。
Someone (probably you, from IP address xxx.xxx.xx.xxx) requested a reminder of your account details for Metabolonote (http://webs2.kazusa.or.jp/metabolonote/index.php/Main_Page). The following user account is associated with this e-mail address: Username：USER NAME Temporary password：TEMPORARY_PASSWORD This temporary password will expire in 7 days. You should log in and choose a new password now. If someone else made this request, or if you have remembered your original password, and you no longer wish to change it, you may ignore this message and continue using your old password.
メールで送られてきた一時的なパスワード「TEMPORARY_PASSWORD」でログインし、認証させます。
ブラウザ画面右上から「Log in / create account」リンクを選択します。
表示される画面で、以下の例のように、メールに記載されていた情報を入力します。
例） Username： USER_NAME Password： TEMPORARY_PASSWORD
上記を入力後、「Log in」ボタンを押下します。
引き続き、仮パスワードを、ユーザーご自身しか知らないパスワードに変更します。
以下のように入力します。
例） Temporary password： TEMPORARY_PASSWORD New password： USER_PASSWORD Retype new password： USER_PASSWORD
上記を入力後、「Set password and log in」ボタンを押下します。
ブラウザ画面最上部を確認し、「USER_NAME」としてログインされていれば完了です。
